Эрнест Анри Бенье родился в городе Онфлёр в департаменте Кальвадос в семье главного таможенного контролёра. Ранняя жизнь Бенье была богата не переезды: следуя карьерным назначениям отца, семья переехала в Марсель, затем в Орлеан и, наконец, в Париж. В столице Бенье приступил к изучению медицины, и первые учебные годы прошли под знаком увлечения хирургией, но затем он решил стать терапевтом. После получения докторской степени в 1857г. Бенье начал работать в больницах Парижа. С 1864 по 1872гг. Бенье много писал о внутренних болезнях, занимаясь такими вопросами, как плеврит, холера, холелитиаз, ревматизм и расстройства селезенки. В период с 1866 по 1881гг. сначала в качестве секретаря, а затем в качестве генерального секретаря медицинского общества парижских больниц  он написал примечательные доклады о распространённых инфекционных болезнях, сравнивая Париж с другими большими французскими городами. Его выводы послужили созданию противоэпидемических мероприятий и принесли ему членство в медицинской академии. Но самая примечательная часть его карьеры прошла в больнице св.Людовика, где он провёл 25 лет. 

Уход на пенсию Эрнеста Базена, главы больницы св.Людовика, в конце 1872г. изменил судьбу Бенье, который к этому времени имел репутацию одного из ведущих интернистов Франции. Будучи следующим в очереди на пост, он имел полное право заменить Базена, но мало кто полагал, что Бенье оставит внутреннюю медицину ради дерматологии. К большому удивлению он объявил о своём намерении сделать это и с характерной энергией и упорством сразу же начал совершенствоваться по заболеваниям кожи. К этому времени он уже был знаком с работами Базена и с трудами Эразмуса Уилсона, в течение первого года Бенье провёл много времени с Альфредом Арди, который значительно помог ему разобраться в диагностике и терапии. Когда это усовершенствование в дерматологии закончилось, Бенье приобрёл несравненное мастерство в диагностике кожных болезней и собственную точку зрения на развитие специальности. 

Его лекции были превосходно сбалансированы и без особых затруднений объединяли причины, патогенез, описание болезней на основе подробного морфологического анализа, общие и частные вопросы лечения. Его знаменитые клинические уроки по вторникам были блестящим примером педагогических и методических способностей, во время которых последовательно описывались в актуальных, чётких, произнесённых с характерным авторитетом фразах основные характеристики дерматозов, в нескольких предложениях излагалось лечение, затем обсуждался дифференциальный диагноз с указанием основных отличий. В течение часа слушатель видел перед собой двенадцать, иногда пятнадцать, пациентов с разными болезнями, о каждом из которых Бенье говорил достаточно, чтобы заинтересовать как начинающего студента, который навсегда запоминал, что такое пузырёк или папула, так и практикующего молодого специалиста, отмечавшего в записной книжке полезные формулы по диагностике и лечению. На уроке можно было наблюдать, как Бенье осматривает пациента в своём отделении, смотрит на него пронзительным взглядом с головы до ног, рассматривает складки, ногти, акцентирует внимание на наиболее важные области, где высыпания наиболее патогномоничны. Затем следовали несколько быстрых вопросов, касающихся течения и продолжительности заболевания, а также озвучивался диагноз. Если случай был сложным, то осмотр заменялся зачитыванием стажёром результатов ранее проведённых микроскопического исследования и биопсии. Методика Бенье заключалась в том, что к диагнозу можно прийти путём непосредственного осмотра и опроса или, при затруднении, описать гипотетические диагнозы, ясность в которые будет внесена посредством лабораторного исследования. Во время работы в больнице он внедрял гистопатологию и паразитологию в повседневную медицинскую работу и первым ввёл термин «биопсия». Он много сделал для популяризации исследования кожных поражений посредством гистологического исследования тканей.

Бенье основал медицинский журнал «Annales de dermatologie et de syphiligraphie» и пытался примирить французскую и венскую дерматологические школы. Так, в 1881г. он с учеником Дойоном перевёл книгу Морица Капоши о кожных болезнях. Под влиянием венской школы Бенье отводил ведущую роль местному лечению кожных заболеваний. Но при этом он никогда не упускал из виду важность конституциональных расстройств и патологической предрасположенности и, таким образом, подчёркивал связь между кожными заболеваниями и общей медициной. Ученики Бенье упрекали его за то, что он так и не написал свой собственный дерматологический трактат: он испытывал большое недоверие к себе и боялся, что не сможет составить его достаточно точно и достаточно быстро, чтобы некоторые его части не устарели на момент его публикации. Бенье сыграл важную роль в улучшении дерматологической номенклатуры, убрав такие термины, как «сифилитический псориаз» и «сифилитические прыщи».

Во многом по инициативе Бенье, примерно в 1881г. начали проводиться заседания врачей больницы св.Людовика, на которых демонстрировались и обсуждались наиболее интересные случаи. В присутствии маститых Альфреда Фурнье и Эмиля Видаля Бенье брал на себя ведущую роль на этих собраниях. Эти заседания трансформировались во французское общество дерматовенерологов, в котором Бенье на протяжении 10 лет был председателем. Жорж Тибьерж вспоминал: «... на этих собраниях можно было увидеть самых выдающихся представителей дерматологии во всем мире, Бенье был «Primus inter pares».

Несмотря на весь его талант и всю его научную деятельность, которая часто приносила ему самые лестные отзывы на международных конгрессах, он не был приглашен преподавать на медицинском факультете, где его знания, работа и большой авторитет, казалось, гарантировали ему ведущее место. Говорят, что министр общественного образования в 1877г. хотел поручить Бенье проведении курса по кожным заболеваниям. Но политические и академические хитросплетения привели к тому, что Бенье заявил, что примет пост только после одобрения его кандидатуры советом профессоров. Затем произошла смена министерства, и чуть позже было принято решение объединить учебные курсы дерматологии и сифилидологи и поручить заведование Альфреду Фурнье, который посвятил почти всю свою деятельность сифилису.

Характерной чертой Бенье было внимание к деталям, порой доходившее до крайности. На работе после осмотра пациента он мыл руки с мылом, чистил ногти средством для чистки ногтей, извлечённым из кошелька, и выливал на пальцы камфорный спирт. Эта же дотошность проявлялась, когда он практиковал скарификацию: до введения в Париже метода Джозефа Листера Бенье старался окружить область, подлежащую скарификации, валиком из очищенных губок и белья, также с помощью губок он сжимал ткани во время скарификаци. Таким образом кровь никогда не пачкала ни его руки, ни области, близкие к тем, которые он скарифицировал, ни наволочки и простыни, на которых лежал пациент. Аналогичные качества проявлялись при написании своих рецептов - тщательное прописывание рекомендаций по лечению удивляло тех, кто впервые встречался с Бенье; при написании статей он перепроверял библиографические указания, вплоть до имён и дат публикации редких или старых работ. Его письменный стиль, очень личный, богатый описательными прилагательными, в разговорных эпитетах, был выверен исключительным образом. Опечатка воспринималась, как орфографическая ошибка, и раздражала его настолько, что будь она обнаружена в уже напечатанном произведении, он потребовал бы, чтобы издатель перепечатал страницу. Кроме этого Бенье также был примером пунктуальности и работоспособности, приходя в больницу ежедневно в четверть девятого, и посвящая каждый день, за исключением чрезвычайных ситуаций, изучению какого-то определённого вопроса.

Одежда и манеры Бенье придавали ему образ довольно сдержанного человекеа, который опровергался его истинным характером. Для тех, кто знал его, он был очень вежливым, его преданность и желание помочь были почти безграничны. Он был всегда хорошо одет в ухоженную одежду; его гладко выбритое лицо и искусно подстриженные волосы, покрывающие верхнюю часть черепа, тонкие губы, тонкий нос придавали его профилю удивительное сходство с профилем Эразма Роттердамского, которого увековечили многочисленные портреты Гольбейна. Бенье мало интересовало общество парижских салонов. Свободные моменты он проводил со своей семьей и несколькими близкими друзьями. Он мало путешествовал, как правило, проводя лето близко к Парижу, за исключением ежегодной прогулки на несколько недель в Трувиль-сюр-Мер, где он навещал свою старую няню. Свидетели этих встреч так описали одну из них: «Увидев её, мы увидели, что его обычное спокойствие иссякло, и он бросился в её объятия в самой трогательной манере. Ему не было стыдно прогуляться по пляжу с этой приятной крестьянкой, которая была очень рада поразительному успеху своего мальчика.» 

Он был человеком высочайшего морального и профессионального уровня. Среди его наиболее известных учеников можно упомянуть Брока, Сабуро, Тибьержа, Бальцера. В своих воспоминаниях Брок рассказал о совете, который дал ему Бенье, когда он спросил его об эксфолиативных дерматозах в качестве темы для своей диссертации. «Я вспомню удивление покойного Бенье в конце 1881г., когда молодой человек без опыта, просто стажёр из больницы, которого он несколько раз видел на службе, спросил, нет ли у него любых материалов об эксфолиативных дерматозах. «Но, мой дорогой месье, - сказал Бенье, - вы действительно смелы, чтобы выбрать для своей диссертации одну из самых неприятных проблем дерматологии. Выберите другой предмет». Этот довольно холодный приём не обескуражил меня и я продолжил свой проект. Впоследствии за работой я не раз думал, что знаменитый мастер больницы св. Людовика был совершенно прав». 

Тибьерж вспоминал: «Очень холодно, очень достойно и бесстрастно, мастер говорил со мной только о нуждах службы или о научных вопросах. После шести месяцев стажировки, я так и не получил от него ни поощрения, ни комплиментов, ни упрёков; при этом несколько дней спустя он сообщил моему отцу в самых нежных выражениях, что меня высоко ценят за то, как я выполнял свои обязанности интерна, и что я могу при любых обстоятельствах рассчитывать на его поддержку. Кроме того, как и мои предшественники, когда я оставил его службу, я получил от него самые постоянные и трогательные свидетельства его привязанности. Казалось, что он хотел сохранить дистанцию ??в службе… Возможно, он боялся позволить проявиться своей чувствительности, которая, несмотря на его холодную внешность, была очень живой и которую я так часто видел.» 

Всегда скромный, Бенье не искал для себя никаких почестей и с неохотой принял почётную медаль во время ухода на пенсию из больницы св.Людовика. В это время Бенье всё ещё был в добром здравии, но он отказался от председательства Французского дерматологического общества и распределил своих пациентов и книги среди своих любимых учеников.