Фриц Рихард Шаудин родился в маленьком малоизвестном городке Рёзинингкен Восточной Пруссии. В 1890г. Шаудин поступил в Берлинский университет для изучения филологии, которая заинтересовала его ещё в школе. Мало что известно о нём в студенческие года, кроме того, что он был прилежным молодым человеком крепкого телосложения, не склонным к компаниям и умеренным в своей жизни и привычках. Неизвестно, как и когда он заинтересовался невидимым невооружённым глазом миром биологии, но это кардинально поменяло его жизнь, а также необратимо повлияло на развитие венерологии в один из мартовских дней. 

В 1894г. он окончил университет и присоединился к научной школе профессора Франца Шульце, в котором нашёл учителя ценившего и любившего своего блестящего ученика. Первая крупная исследовательская работа Шаудина была посвящена описанию нового рода морских организмов, фораминиферов, и их неизвестных жизненных циклов. Во время этой работы очень ярко проявилась выдающаяся черта Шаудина - способность наблюдать. Эта способность была объединена с даром ясного изложения материала в письменной форме (филология не прошла даром), и они сослужили ему хорошую службу в избранной им профессии протозоолога. 

В 1895г. по возвращении из исследовательской поездки по Арктике Шаудин принял участие в публикации обширного труда «Fauna Arctica». Особо следует отметить, что эта работа выдержала испытание временем - ни одно новое открытие не потребовало коррекции этого труда. Впоследствии южный мыс острова Абелёйа архипелага Шпицберген был назван в честь Шаудина. 

Из северных широт Шаудин отправился в южные. В 1901г. медицинский мир был  взволнован работами сэра Рональда Росса и Джованни Баттиста Грасси об открытии возбудителя малярии. Шаудин был отправлен в Ровинь на побережье Адриатического моря для изучения открытого возбудителя. Связь между укусами насекомых и малярией была уже известна, и Шаудин, казалось, был первым, кто описал процесс заражения клеток крови малярией под микроскопом. Хотя его наблюдения были неточными, но его международная репутация столь велика, что они были подвергнуты сомнению лишь через 30 лет. Под руководством Шаудина впервые были опробованы меры по борьбе с малярией в крупном эпидемическом районе посредством целенаправленного лечения жителей. 

Во время этой командировки Шаудин три раза в неделю совершал 10-километровый путь из Ровиньо в Сан-Микело ди Леме (деревушку, состоявшую всего лишь из двенадцати хижин, где все жители были поражены малярией). Поиски возбудителя малярии в крови этих несчастных людей привели его к обнаружению особой дизентерийной амёбы. До открытия Шаудина в медицинских кругах Европы возникали серьёзные противоречия о роли простейшей Entamoeba coli в развитии дизентерии. Клиницисты были убеждены в этиологической связи этого организма с заболеванием, но биологи скептически относились к патогенности Entamoeba coli. Шаудин выделил крошечную подвижную амебу, названную Entamoeba histolytica, которую он считал вредоносной и с лёгкостью находил отличия от других, безвредных амеб. Чтобы проверить свою теорию он проглотил огромное количество амёб как безвредных, так и вредоносных, и заболел, жестоко поплатившись за своё любопытство. Считается, что что именно тогда началась болезнь, сразившая его вскоре после внезапного научного триумфа.

Ещё одним открытием Шаудина стало установление того факта, что личинки анкилостом могут проникать в кожу и вызывать кишечную болезнь. Он рекомендовал ряд профилактических мер и мер общественного здравоохранения, которые привели к тому, что это заболевание стало сравнительной редкостью. В качестве награды за свои открытия и трудолюбие он был назначен в 1904г. в возрасте 32 лет на должность заведующего кафедрой паразитологии на кафедре зоологии Берлинского университета, он стал самым молодым ученым своего времени занимавший такой пост. Но фактически его работа теперь представляла собой проверку чужих исследований в ущерб своим собственным. Шаудин сетовал при встрече с друзьями: «Ведь это интеллектуальная кастрация!»

2 февраля 1905г. профессор Шульце, директор Института зоологии в Университете Берлина, объявил, что доктор Зигель, ассистент его кафедры, обнаружил простейших у больных сифилисом в первичных очагах и в крови. В течение нескольких дней после этого доклада президент Института здравоохранения попросил Шаудина и Фреда Нейфельда, ученика Альберта Коха, провести расследование совместно Эрихом Хоффманом, сотрудником Эдмунда Лессера. Это тройка считала открытие Зигеля нестоящим внимания, а совещание - бессмысленной тратой сил и времени. Данные Зигеля были путанными и неточными. Рисунки, изображающие нового возбудитель, названного Cytorrhyctes luis, казались подозрительными. 

На начальном этапе работы 3 марта 1905г. он лишь удостоверился что простейшие Зигеля не были возбудителями сифилиса, а являются сапрофитами. В тот день Шаудин обнаружил мелкие спирохеты в свежем неокрашенном мазке тканевого сока из папулы второй стадии сифилис. Эрих Хоффман в своих мемуарах написал о 3 марта 1905г.: «После долгого исследования Шаудин обнаружил тонкий, бледный и сложный для наблюдения, подвижный, спиралевидный организм. Я получил жидкость из мокнущей сифилитической папулы. Шаудин обнаружил организм своим орлиным взглядом и немедленно показал его бактериологу Нейфельду и мне.»

Шаудин рассказал коллегам, что эти организмы - спирохеты, которые он уже раньше видел в желудках у москитов. Он рассказал, что считает этих спирохет одной из стадий развития малярийного плазмодия и изложил созданную им в Ровиньо теорию. «Спирохеты очень интересны с научной точки зрения. Мне было бы гораздо приятнее изучать этих спирохет, чем заниматься поисками возбудителя сифилиса», — сказал он, смеясь. Ему казалось забавным, что он бросил свои исследования, работал по заказу министерства здравоохранения, должен был бы уже забыть о спирохетах, и вот снова натолкнулся на них.

Новый микроорганизм рано или поздно они находили в материале у каждого больного, и ни у одного здорового их нельзя было найти. Их можно было окрашивать крепким раствором азур эозина, но как ни старался Шаудин, они оставались совсем бледными. Шаудин в разговорах с Хоффманом и Нейфельдом, а потом и с другими учёными и начал называть их Spirochaeta pallida — бледные спирохеты. У некоторых больных их бывало немного, а у иных так и кишел ими. Хоффман и Шаудин серьёзно задумались. Оба они отлично знали, что на поверхности тела каждого человека могут существовать всевозможные микробы. И присутствие в выделениях гнойной сыпи даже и такого редкого микроба, как бледная спирохета, еще ничего не доказывало... Или, напротив, доказывало всё.

Для дальнейших исследований нужен был ещё какой-нибудь материал от больных. За три года до этого у Хоффмана была больная, у которой он вырезал воспалённый лимфоузел и на тонких стеклах приготовил несколько дюжин мазков гноя из этой железы. Тогда он окрашивал свои препараты всевозможными красками, смотрел в микроскоп до тех пор, пока у него не уставали глаза. У него в ящике сохранилось несколько старых ненужных стекол с ещё не окрашенными мазками гноя. «Я помню, что это было в воскресенье, — писал много позже Нейфельд, — и мы с Шаудином были одни в лаборатории». Снова сидел Фриц Шаудин у своего микроскопа. Всю ночь он продержал в краске Густава Гимзы эти старые тонкие куски стекла, по чистой случайности пролежавшие три года. Вдруг Шаудин вскочил и выбежал с криком: «Нейфельд, Нейфельд!» В первый же день, 3 марта, у первой же больной Шаудин увидел бледных спирохет. Но в воскресенье, 21 марта, он знал, что нашел возбудителя сифилиса. Несколько спирохет были найдены и сфотографированы. Сомнений в открытии возбудителя не оставалось и 6 апреля в совместной публикации были подробно изложены результаты исследования.

17 мая 1905г. они продемонстрировали свои результаты на собрании Берлинского медицинского общества вместе с новыми важными находками. Хофманн сделал особый акцент, что он только получал материал из первичного элемента или лимфатического узла, а идентификацией и оценкой организма занимался Шаудин. Шаудин и Хоффман прочитали лекцию и продемонстрировали спирохеты в свежем материале. После возникла жаркая дискуссия о результатах между защитниками и оппонентами нового открытия. Крупнейшие немецкие ученые заявляли: «Да, мы тоже их видели». Успех превращался в триумф Шаудина, когда вдруг с нелепейшим возражением выступил доктор Тезинг, последователь Зигеля. Тезинг говорил, что с ним вполне согласен и Шульце, старый учитель Шаудина. Зигель и его последователи пытались поставить своего возбудителя на первый план и представить спирохету как загрязняющий образец продукт. Шаудин и Хоффман вышли из себя и заявили, что Тезинг вообще недостаточно компетентен, чтобы высказываться по столь важному вопросу. Тогда поднялся крик о «свободе науки» и серьёзное обсуждение сменилось глупейшей болтовней, столь свойственной религиозным и научным сборищам. Старый Оскар Лассар ещё и подлил масла в огонь, сообщив с торжественным видом, что по меньшей мере 25 различных организмов были обвинены в сифилисе за последние 25 лет. В конце собрания президент общества, хирург с мировой славой, Эрнст фон Бергман сказал, что «заседание закрыто, до тех пор пока не будет открыта новая причина сифилиса». 

На следующей день Шаудин сказал: «Ничто из этого вообще не повлияет на меня. То, что я обнаружил, является правдой!» Но многие венерологи также были настроены скептически. В начале, как многие другие, Альберт Нейссер не поверил, что этот организм действительно вызывает сифилис. В письме от июля 1905 он писал: «...мы ещё работаем с сифилитической спириллой. Тут и там мы находим что-то положительное, но в целом мы более уверены, что эти спириллы не являются сифилитическими спириллами». В течение следующего года после подтверждающих сообщений других исследователей (включая его собственную команду на о.Ява) он изменил свое мнение. К концу 1906г. уже было опубликовано 750 публикаций, посвященных возбудителю сифилиса.. 

Сотрудничеству Шаудина и Хоффмана не было суждено продолжиться. Уже в 1905г. деятельность Шаудина была замедлена болезнью. В январе 1906 г. он стал директором лаборатории простейших в Институте морских и тропических болезней в Гамбурге, отказавшись от работы в Лондоне и Кембридже. В знак признания его заслуг он был приглашен на Международный медицинский конгресс в Лиссабоне. Он описал о том, как его приняли в Лиссабоне, в письме своей семье: «Сегодня дерматологи отдают мне дань уважения, которую я, вероятно, больше никогда не увижу. Старый французский профессор Франсуа Аллопо встал и попросил присутствующих встать и повёл меня к президентскому креслу... Нейссер прочитал свою лекцию, что было очень приятно для меня; затем ассистент Пастера, в отсутствие Мечникова, который болел, зачитал его лекцию, также очень почётную для меня, затем пришли сообщения бельгийца и португальца. Но вы думаете, я получил своё слово? Как только я открыл рот, мужчины захлопали, как сумасшедшие. Короче говоря, это было дико!» 

На обратном пути из Лиссабона у Шаудина развился сепсис, который потребовал экстренной операции прямо на борту роскошного парохода. Фриц Шаудин скончался 22 июня 1906 года в Гамбурге в возрасте 34 лет, вероятно, в результате самостоятельных экспериментов с амёбами, которые и вызвали различные воспаления в желудочно-кишечном тракте. За свою короткую жизнь он накопил множество великих достижений, и трудно поверить, что его деятельность в науке насчитывала немногим более 10 лет.