После масштабного обновления к 1833 больница подошла, имея 340 кроватей – 140 мужских и 200 женских. Но этого количества коек также стало систематически не хватать. Так, 15 марта 1835 на имя царя было подано прошение от некоего доктора Сведеруса о разрешении открыть частную больницу для лечения больных сифилисом.

Обосновывая своё прошение, он пишет: «Сколь ни превосходно учреждение в Санкт-Петербурге Калинкинской больницы, но частый отказ в принятии туда обнаруживает недостаток 340 кроватей».

В этом же году секретарь управления «учреждений императрицы Марии» Вилламов ходатайствует о том, чтобы временно принимать больных сифилисом в другие больницы. В своём письме в Попечительный Совет он указывает: «…в Калинкинской больнице не только все места заняты, но нарочитому числу больных за неимением мест в приеме отказывается».

В 1835 по городу было отказано 5 тыс. больных. Некоторую часть больных принимали Обуховская, Петропавловская и принадлежащая Калинкинской добавочная временная женская больница.

Кроме того, койки Калинкинской больницы неоднократно в период эпидемий использовались для госпитализации больных с другими инфекциями. С этой целью открывались сверхштатные отделения, которые обслуживались тем же штатом Калинкинской больницы. В 1847, 1848 и 1849 были открыты 140 коек для больных холерой.

В период эпидемии 1849 в больнице находились на лечении около 2 тыс. таких больных. В 1852 было отведено 60 коек для больных холерой, в 1855 – 40 коек для больных гриппом.

В 1855 было открыто временное хроническое отделение на 40 кроватей. Казанский врач Залесский писал: «В отделении для неизлечимых находится много бугорчатых лёгочных чахоток, раковых болезней, разъедающих лишаёв и много различных видов параличей».

Начиная с 1864 в Калинкинской больнице периодически открывалось временное отделение для мужчин на 150 коек. Этого количества коек не хватало и больные мужчины стали направляться на стационарное лечение в Царскосельский военный госпиталь.

С 1 сентября 1884 больница перешла в ведение городского общественного управления. Теперь на управление больницей меньше влияло дворянство, но система управления не изменилась. При переходе больницы в ведение Городской думы была дана следующая характеристика. «Всего имелось 8 зданий.

На набережную Фонтанки выходил фасад самого старого двухэтажного здания. Проездную арку этого здания украшали чугунные ворота, сохранившиеся до настоящего времени. А красоту этих ворот, как на достопримечательность города, указывает Курбатов в своей книге «Петербург». Этот корпус был занят квартирами служащих.

Больные размещались в трех зданиях: 1) Главный корпус располагался в сквере. В подвальном этаже его размещались кухня,хлебопекарня, продуктовые и бельевые кладовые. В первом, втором и третьем этажах были размещены больничные отделения. Корпус построен по центрально-коридорной системе. 

2) Позади главного корпуса, в большом больничном саду, стоял так называемый летний флигель, состоящий из 10 палат на 150 кроватей. Здание было построено для временного пребывания больных на период ремонта главного корпуса, но почти постоянно использовалось для размещения сверх-штатных коек. 

3) Здание для гинекологического и родильного отделений имело два этажа. Внизу размещалось родильное отделение, квартиры фельдшериц и акушерки. Второй этаж занимало гинекологическое отделение на 50 коек.

В отдельном двухэтажном каменном флигеле располагалась аптека и амбулатория. В остальных 3 зданиях размещались прачечная, часовня и службы. Отопление зданий было печное, освещение - керосиновое.

Водоснабжение больницы производилось из общей водопроводной сети. На чердаке главного корпуса имелись два железных бака, ёмкостью в 5000 ведер каждый. Они наполнялись водой, которая оттуда поступала в отделения. Сточные воды спускались в Фонтанку. Больница имела 420 штатных коек, сверх-штатных – до 180. Имелось 9 штатных и 2 сверхштатных отделения. Здания требовали капитального ремонта».

В 1894 начато строительство специального помещения со всем необходимым оборудованием для организации лечения «теплом и водою». Новое гидротерапевтическое отделение представляло собой капитальную каменную пристройку ко всем 3 этажам главного корпуса больницы, сообщающуюся с отделениями.

На каждом этаже оно состояло из раздевальни, ванной комнаты, специального помещения с насыщенным паром воздухом и врачебного кабинета, где имелась аппаратура для общего и местного лечения сухим нагретым воздухом и паром.

В 1903 в больнице был открыт светолечебный кабинет для больных кожными болезнями, в котором имелась лампа Финсена. К 1907 его работа значительно расширилось как за счет больных Калинкинской больницы, так и за счёт приёма приходящих больных из других больниц.

Что касается лечебной работы больницы, то следует отметить, что до 1871 в больнице практиковался режим, близкий к тюремным заведениям. В широких размерах применялась система наказаний. Существовала даже специальная шкала наказаний, в которую входило: 1) Ограничение пищи, перевод на овсянку; 2) Запрещение свиданий с родственниками; 3) Надевание смирительной рубашки; 4) Заключение в темный карцер с ограничением пищи.

По-видимому, такой режим остался ещё с того далёкого времени, когда Калинкинский дом осуществлял функции полицейского-исправительного учреждения, начало данной системе наказаний затерялось в веках. Несмотря на существование строгости, порядок в больнице очень часто нарушался, вплоть до побегов больных. Администрация больницы зачастую вызывала полицию для прекращения беспорядков.

Переломным годом в организации работы больницы явился 1871, когда во главе лечебной работы стал Эдуард Фридрихович Шперк. Под свою ответственность он отменил все дисциплинарные наказания больных. Установление гуманного отношения повысило порядок в больнице.

В 1879 был организован амбулаторный прием больных венерическими и кожными болезнями. Организатором его также был Шперк. Первоначально амбулаторный приём был открыт всего на 2 часа в день, ежедневно, включая воскресенье, чтобы все желающие, трудящиеся в будни, явились в свободные и праздничные дни. Спустя год двухчасовой прием уже не мог обеспечить прием всех желающих. «В последние месяцы число приходящих, всё увеличиваясь, достигло 60-70 ежедневно, что для одного врача почти немыслимо».

Амбулаторный приём увеличивался и дальше: росло количество больных и врачей. В 1889 количество посещений за год уже достигло 30000. Теперь приём производился ежедневно с 11 до 1 и с 2 до 4. Амбулатория получила название «Лечебница для приходящих принца П.Г.Ольденбургского».

Больница стала крупным научным центром исследования венерических болезней благодаря деятельности Вениамина Михайловича Тарновского. С 1860 он работал в Калинкинской больнице. Его неортодоксальные методы лечения сифилиса, в т.ч. почерпнутые во время заграничной поездки 1959, нашли непонимание среди старших коллег, но своими результатами он быстро приобрел хорошую репутацию.

После защиты диссертации «Распознавание венерических болезней у женщин и детей» Тарновский продолжил свои научные изыскания и своё стремление к академическим вершинам. С 1861 по 1917 из стен больницы, стараниями его и его учеников вышло более 200 научных работ.  

После Октябрьской революции больница продолжила свою работу в своём прежнем статусе, а в 1922 ей было присвоено имя В.М.Тарновского, затем была реорганизована в На­учно-исследовательский кожно-венерологический институт. В 50-ых годах XX века в её стенах обосновался НИИ антибиотиков и ферментов. В настоящее время на территории больницы располагается КВД №3 и бизнес-центр.