Франсуа Анри Аллопо родился в Париже в 1842. Он был блестящим учеником в лицее Кондорсе и всегда гордился тем, что в табеле успеваемости после длительного соревнования занял первое место, опередив Анатоля Леруа-Болье, позже ставшего известным французским писателем. Затем Аллопо поступил в Парижскую медицинскую школу, где 3 года спустя занял второе место среди большого числа кандидатов на получение стажировки в Париже.

Его дипломная работа, представленная в 1871, касалась судорожных симптомов при расстройствах спинного мозга. Аллопо получил право работать в парижских больницах в 1877, а в следующем году он добился успеха в конкурсе на право читать лекции от медицинского факультета. Для этой агрегации Аллопо представил два тезиса, один из которых был посвящён понто-бульбарным параличам, а другой - исчерпывающему обзору физиологического и терапевтического действия ртути.

Первым местом его работы стала больнице Теноне, следом была работа в больнице св.Антуана, а в 1884 он перешёл в больницу св.Людовика, где остался до своей отставки в 1907. В течение первых трёх лет в качестве лектора при факультете Аллопо читал курс неврологии, который, наряду с общей патологией, был его любимым предметом перехода в больницу св.Людовика.

«Это действительно было сюрпризом, - писал Камиль-Мельхиор Жибер, - когда Аллопо решил заняться дерматологией, поскольку он уже приобрёл хорошую репутацию в области патологии, особенно невропатологии, и, кроме того, написал трактат по общей патологии, появившийся в том же году». 

Опубликованная в 1884 книга о патологии стала популярной почти сразу и была ведущим учебником во Франции в течение двадцати лет, была переведена на испанский и турецкий, а также выдержало шесть переизданий. В 1900 Аллопо в соавторстве с Эмилем Лереддем написал книгу по дерматологии, которая получила призы как от Академии наук, так и от медицинского факультета. Эта книга была оригинальна тем, что в ней была предпринята попытка классификации заболеваний кожи по этиологическому принципу. Десятью годами позже он со своим учеником Шарлем Фуке написал обширный трактат о сифилисе. Объем работы, проделанной Аллопо в течении жизни, был поистине огромен - 800 публикаций. Одной из разгадок его работоспособности был тот факт, что он не обладал крепким сном, часто вставал посреди ночи и эти часы проводил за работой. С 1880 по 1885 он часто выступал на заседаниях научного биологического общества, позднее он стал постоянным участником программ Французского дерматологического общества и Медицинской академии. В 1893 он был принят в члены Медицинской академии.

Луи-Анн-Жан Брок приписывает ему первое полное описание атрофической формы красного плоского лишая. В 1889 Аллопо также описал доброкачественный вариант вегетирующей пузырчатки, ранее описанной Изидором Нейманном. В 1890 Аллопо обратил внимание на трудно поддающуюся лечению воспаление пальцев, назвав это состояние акродерматитом: «Эти высыпания [везикулярная форма] состоят из пузырьков, сидящих на красной поверхности; эти пузырьки являются дискретными и сохраняются в течение определенного времени после их появления; поначалу каждый палец задействован лишь частично; высыпания могут распространяться на ладонь… Когда отдельные везикулы разрушаются, они оставляют эрозии, которые вскоре покрываются корками или пластинчатыми чешуйками, более или менее толстыми. Когда чешуйки отделяются, эпидермис кажется тонким, гладким и блестящим; в других областях, напротив, толщина кожи изменяется за счет преувеличения складок. Ноготь страдает из-за нарушения питания; он теряет блеск и становится бороздчатым, более того, можно увидеть поперечное уплощение ногтей, а также многочисленные точечные впадины размером в несколько миллиметров в диаметре... эта форма [гнойная] возникает время от времени, но не всегда является следствием травмы, на ладони или на конце пальца. Ногтевой валик вскоре становится покрасневшим, утолщенным и болезненным, что приводит к возвышению и отслоению ногтя. Выделяется гной; нагноение затем распространяется на фалангу, обычно до её ладонной поверхности. Могут последовательно вовлекаться другие фаланги... возникая изолированно, пустулы становятся сливными, образуя большие области, на поверхности которых эпидермис отсутствует. На ярко-красном основании многочисленные плоские гнойные области различных размеров с полициклическими контурами отчетливо выделяются благодаря своему беловатому цвету ... Местами островки эпидермиса сохраняются в виде бляшек. Нагноение быстро высыхает, образуя корочки. Пустулы повторяются непрерывно в течение месяцев и даже лет, не выходя за пределы руки, и всегда преобладающее поражаются кончики пальцев».

Им был продемонстрирован одним из первых случаев acanthosis nigricans: «Отношение к раку не является постоянным, и в некоторых случаях такой связи нет. Высыпания всегда симметричные, наиболее выражены в определенных и постоянных частях тела; они расположены на шее, в подмышечных областях, области молочных желез, пупка, паховопромежностной области и внутренней поверхности ягодиц: менее часто и с меньшей интенсивностью поражают лицо, переднюю локтевую область, подколенную область, ладони и ступни ног. На самом деле это универсальный дерматоз. Чаще всего кожа имеет общую бронзовую окраску, бывает бледно-желтой, анемичной и кахектической, как у больных раком. В любой пораженной области можно обнаружить интенсивную пигментацию серого, смуглого, коричневого или черного цвета, которая.постепенно уменьшается на границе высыпаний». 

Грибовидный микоз был излюбленной темой Аллопо, которой он посвятил не меньше 25 работ. Он был пионером дифференцировки начальной стадии грибовидного микоза и экземы. Благодаря ему появился термин «трихотилломания». Также он оставил многочисленные работы о проказе и о волчанке. Значительное количество статей было написано в сотрудничестве с его выдающимся учеником, Антуаном Эдуардом Жансельмом

Ещё одним предметом его исследований был сифилис и его лечение. В его работах можно найти предположения о микробном происхождении  сифилиса. Ещё до появления работ Пауля Эрлиха ему удавалось отсрочить появление вторичных поражений и в некоторых случаях даже прервать заболевание. Жансельм заявлял, что это было достигнуто путем интенсивного лечения ртутью и мышьяком. Аллопо сначала использовал арсенат натрия, а затем ацетиларсанилат натрия, но отказался от этих соединений из-за их возможного побочного эффекта - неврита зрительного нерва. Затем он объявил гектин как лучшее соединение мышьяка против сифилиса и преданно придерживался его применению. Позже перед Медицинской академией он мужественно признал, что переоценил это лекарство. 

Непрерывный труд Аллопо принёс ему широкое признание и возможность стать сначала генеральным секретарём и затем вице-президентом Французского дерматологического общества. Он был членом ряда зарубежных дерматологических обществ, в том числе Бельгии, Италии. Берлина. Вены, Москвы и Киева. После отставки Альфреда Фурнье в 1902 Аллопо вместе с Филиппом Гоше соревновались за его пост. У Аллопо оказалось всего лишь на один голос меньше. После поражения он не затаил зла на Гоше, присутствовал на его инаугурационной лекции, а также проголосовал за его поступление в Медицинскую академию. Профессиональная неудача не смогла ослабить его неукротимую энергию, и он продолжил работать до выхода на пенсию, а затем работал консультантом в Нантере, недалеко от Парижа. 

Так продолжалось до 1 октября 1919, когда, будучи почти слепым и едва способным ходить, он был наконец вынужден отказаться от врачебной деятельности. Аллопо принял участие в открытии сессии Французского дерматологического общества после прекращения военных действий 1919, за несколько дней до своей смерти, и совершил прощальный визит в музей в больницы св. Людовика, где большое количество муляжей увековечивало его память.