Фердинанд-Жан Дарье родился в венгерском Пеште, который к тому времени ещё не успел слиться воедино с Будой и Обудой. Его родителями были протестанты - отец Жюль Дарье был потомком французских беженцев из Дофине, покинувшим Францию после отмены Нантского эдикта, мать Анна Ней была гражданкой Женевы, известного центра Реформации. Родители Дарье переехали в Будапешт до его рождения в 1856г. и вернулись в Женеву, когда ему было 8 лет. К этому времени Жан уже свободно говорил на венгерском, французском и немецком. Его первые годы оставили ему ностальгические воспоминания и знание немецкого, которое сослужило ему добрую службу при общении с немецкими коллегами уже в бытность известным дерматологом. Возвращение в Женеву связано с началом работы отца в банковской сфере, в которой до сих пор можно встретить фамилию Дарье. Жан начал своё медицинское обучение в Женеве в 15 лет, но за передовыми знаниями он решил отправиться во Францию. 

В 1878г. он начал работать в Париже и стал натурализованным французом. В 1880г. он начал учёбу у известного дерматолога Эрнеста Бенье и защитил докторскую диссертацию, а в 1884г. присоединился к миру исследований - начал работу у гистологов Луи Антуана Ранвье и Луи Шарля Малассе. В то же время он стал заведующим лабораторией патологической анатомии у великого сифилидолога Альфреда Фурнье в больнице св.Людовика. Карьера Жана шла в гору - он стал главой дерматологии в трёх парижских больницах Ларошфуко, Пити и Брока. Логичным продолжением стало назначение на пост главы дерматологии больницы св.Людовика в 1909г., который он занимал 12 лет до выхода на пенсию.

Назначение в больницу св.Людовика совпало по времени с публикацией его работы «Основы дерматологии». Организация книги Дарье была необычна для того времени - изложение кожных болезней по этиологическому признаку. Сам Дарье писал в предисловии: «...в наше время никто не будет думать о возобновлении попыток Пленка и Уиллана... единственная логическая и научная классификация в дерматологии... это та, которая основана на этиологии». В предисловии к английскому изданию Дарье скромно замечал: «Книга предназначена для студентов, поступающих на дерматологическую службу, и для врачей общей практики, чьи воспоминания в больнице стали несколько нечёткими». Этот труд получил всемирный успех, был несколько раз переиздан с учётом новых открытий и был переведён на многие языки (в том числе и на русский). Жан Дарье был весьма удивлён, когда в 1922г. получил перевод своего второго издания на японском языке. Его международная слава была связана в значительной степени с гистопатологией кожи. В дополнение к фолликулярныму дискератозу, саркоиду, эритеме и дерматофибросаркоме, которые носят его имя, он опубликовал основополагающие труды об атрофическом плоском лишае, псевдоксантоме, туберкулёзе и проказе. Морфологические материалы, собранные Дарье за долгие годы практики, стали основой коллекции учреждённого им музея гистологии в больнице св.Людовика. 

Дарье был выдающимся клиницистом, но его деятельность была далека от таковой дерматологов первой половины XIX века, он принимал во внимание и применял самые последние открытий в фундаментальных науках - лучевая терапия, химиотерапия и вакцины. Дарье был убежден, что исследования кожной гистопатологии являются неотъемлемой частью диагностического процесса. Это не всегда находило отклик среди его коллег и становилось поводом для дискуссий в дерматологических отделениях. Иногда это выходило за пределы стен, таким, например, стал спор с Эрнестом Гоше, профессором дерматологии Парижского медицинского факультета, оставшийся на страницах медицинских журналов. Гоше неустанно утверждал, что биопсия была опасна и противопоказана при раке.

В конце своей жизни Дарье оказался ценным историком дерматологии, потому что его всемирная известность позволяла ему общаться с известными дерматологами, некоторые из которых стали настоящими друзьями. Также он достиг вершин, позволяющих судить об эволюции своей специальности и о реальной ценности научного вклада того или иного дерматолога. В возрасте 79 лет он получил звание доктора honoris causa университете Будапешта и прочёл лекцию «История дерматологии за последние пятьдесят лет». Эта лекция была очень глубоким и проницательным исследованием прошлого дерматологии, сопровождаемым действительно пророческим взглядом на её будущее.

Английский дерматолог Эрнест Грэхем-Литтл описывал Дарье как «мужчину среднего роста и стройной фигуры, которую он сохранил до конца, а также с неопрятной шапкой волос и хорошо ухоженной бородой. Благородный римский нос поистине символизировал его характер в его римской простоте и аккуратности и доминировал над его лицом. На протяжении всей его жизни он создавал впечатление обильной энергии, бодрости и тех неопределенных личных качеств, которые сливаются в слово «очарование»; он культивировал определенную элегантность в своем платье и был коллекционером прекрасных предметов». К нему обращались за советом исследователи со всего мира, которым он всегда давал точные советы. Истинное величие Дарье, по признанию коллег, заключалось в его снисходительности к другим и в его строгости к себе. 

После выхода на пенсию в 1921 году Дарье удалился в своё загородное поместье в деревне Лонгпонт-сюр-Орж, небольшом городке в пригороде Парижа. С 1925 по 1935 гг. он был мэром этой деревни и занимался решением местных проблем.