Аугусто Дюкрей родился в Неаполе в 1860, в семье швейцарца Джузеппе Дюкрея и неаполитанки Амалии Маццони. Он поступил на факультет медицины и хирургии, неаполитанского университета имени Фридриха II, одного из старейших университетов мира. Во время учёбы он проявил себя талантливым учеником - заслужил диплом с отличием по химии и признание заслуг на конкурсе по зоологии. 

После окончания университета в 22 года он сразу же обратился к изучению дерматологии и венерологии в университетской клинике Неаполя под руководством Томмазо Де Амичиса. Работа в Неаполе давала Дюкрею большой простор для реализации - разнообразные сложные задачи, связанные с прогрессом бактериологии и лабораторных исследований, на фоне набирающей силу борьбы с венерическими заболеваниями. В 1884 после окончания учёбы и прохождения конкурса он был оставлен при дерматологической клинике в качестве ассистента, а затем был повышен в должности до штатного сотрудника.

Дальнейшая карьера Дюкрея шла по нарастающей. В 1890 он получил должность бесплатного лектора в университетской клинике, а после 1984 начал плодотворную работу в других городах Италии. В 1894 он выиграл конкурс на должность директора государственных диспансеров, в том же году он был назначен на должность профессора на медицинском факультете Пизы, где руководил дермосифилопатической клиникой, которой прежде заведовал Цельсо Пеллиццари.

Затем в 1911 он был вызван Генуэзским университетом для управления дерматосифилопатической клиникой. Наконец, в 1919 медицинский факультет Рима пригласил его на руководство столичной дерматосифилопатической клиникой. Здесь Дюкрей отличился рядом важных достижений: он основал богатую библиотеку, перестроил помещения и службы, способствовал строительству эффективных клиник для мужчин и женщин, организовал лаборатории для микроскопических исследований. На службе в Римском университете он оставался до конца своей карьеры. 

Бесспорный клиницист и исследователь, Дюкрей провел многочисленные работы, в том числе экспериментальные, по различным аспектам кожных и венерических болезней. Так Дюкрей описал различные формы стригущего лишая у мужчин, сделал несколько интересных наблюдений о возможности возникновения сифилитической повторной инфекции у субъекта, все ещё имеющего поражения от предыдущей инфекции, и о культивируемости палочки проказы, впервые описал в Италии акариаз злаков, который наблюдал во время эпидемии в Тоскане, а также сообщил об открытии грибка, который назвал Trichosporon minutissimum. При всех этих, несомненно, важных работах, наиболее заметным стало открытие возбудителя т.н. третьей венерической болезни, мягкого шанкра. 

В 1852 Леон Бассеро, ученик Филиппа Рикора, путем тщательного сбора анамнеза и исследования убедился, что существует два вида шанкра, один из которых “твердый”, а другой “мягкий”, и что каждый является результатом примерно одного пути заражения. Было показано, что экссудатом из мягкого шанкра можно инокулировать (заразить) того же пациента, что редко наблюдалось при использовании экссудата сифилитического шанкра.

Однако после этого возникла большая полемика относительно того, участвует ли один или несколько организмов в патогенезе, и может ли гной любого происхождения воспроизводить характеристики мягкого шанкра (шанкроида). Рикор принял демонстрацию учеником двойственности шанкра и отстаивал её, но вопрос о причинах появления мягкого шанкра оставался открытым. 

В 1889 Аугусто Дюкрей опубликовал свой отчёт об идентификации «вируса» мягкого шанкра и выступил со своей работой на Международном конгрессе по дерматологии и венерологии в Париже. Дюкрей описал безуспешные попытки вырастить конкретный организм из шанкроидных поражений и сопутствующих им бубонов на желатиновой питательной культуральной среде.

Он прокомментировал свое неприятие теорий, выдвинутых другими, о том, что шанкроидные поражения представляют собой локализованные обычные инфекции, такие как прыщи или инфицированные скабетические поражения. Также он указал, что эти такие банальные инфекции не могут быть с легкостью перенесены на другой участок кожи, как это наблюдалось в случае гноя из мягкого шанкра, и, кроме того, такие поражения не проявляли тенденций к некрозу, характерному для этого шанкра.

Он сравнил незначительные тканевые изменения при стафилококковых абсцессах и их быстрое заживление с процессом некротизации и медленного заживления за счет образования грануляционной ткани при инокуляции отделяемым мягкого шанкра. Он пришел к выводу, что характерные поражения и течение инфекции указывают на иную конкретную причину и отличаются от обычных кожных инфекций.

Все эти выводы стали результатом его кропотливой работы в отделении Де Амичиса ещё в бытность простым ассистентом. Так как ему не удавалось вырастить возбудителя на питательной среде, он провёл серию занятных и пугающих для нашего времени и не очень оригинальных для своего времени экспериментов на пациентах.

Он методично проводил аутоинокуляции (повторные заражения одного и того же пациента) гноем из язвы или бубона в продезинфицированный участок кожи предплечья, плотно закрывая каждое новое место часовым стеклом (фактически этим занимался в своё время Рикор, исследуя заразность вторичного сифилиса, но без сложностей с дезинфекцией). 

Последовательно пересевая гной с места на место, он добивался того, чтобы фоновая кокковая микрофлора играла всё меньшую роль в новом воспалительном очаге. В его исследовании приняли участие более 50 пациентов, у которых он рано или поздно находил одну и ту же бактерию: «микроорганизм, представляющий собой бактерию длиной 1,48 мкм и шириной 0,5 мкм, короткую и компактную, красиво закругленную на концах, обычно с выемкой на стороне, которая наблюдается у микробов, имеющих форму цифры 8».

Новый микроб хорошо окрашивался фуксином и метиленовой синью, но категорически отказывался вызывать наблюдаемые у людей поражения у морских свинок или кроликов. Дюкрей также исследовал патогенность бубона: он не обнаружил микроорганизмов в неразорвавшемся бубоне и считал такую тканевую реакцию «результатом особого продукта вирусных жидкостей шанкрового микроорганизма». 

Итоги своей работы по новому возбудителю Дюкрей подвёл в статье 1895г., где отмечал, что многие исследователи воспроизвели его экспериментальную работу. Так, Дюкрей особо отмечал опыт Карла Вильгельма Бека, который в своё время с завидным упорством занимался инокуляцией мягкого шанкра, указал на исследования немца Пауля Унны который нашёл «стрептобациллы» в глубоких тканях благодаря особому методу окрашивания, упомянул также шведа Рудольфа Крефтинга, обнаружившего похожие микроорганизмы в бубонном гное. Таким образом, возбудитель мягкого шанкра получил название бациллы Дюкрея-Унны-Крефтинга, а в латинском варианте в 1921 - Haemophilus ducreyi.