Дерматологическое наследие Жан-Луи Алибера не было ограничено совершенствованием собственных знаний и улучшением условий для пациентов. Значительная часть его деятельности нашла продолжение в талантливых учениках и последователях. Они, как и их предшественник, стремились улучшить диагностические методы и понимание кожных болезней. Кроме того, они продолжали созидательную деятельность для развития своей специальности. 

Конечно, не обошлось без научных споров. Самым продолжительным и значительным был спор о классификации кожной сыпи. Алибер придумал свою доктрину и классификацию кожных болезней на основе довольно популярного на то время подхода Карла Линнея и оформил это в виде дерева дерматозов, где болезни были разделены на классы и рода и были представлены в виде ветвей. Для своего времени эстетическая составляющая визуального воплощения была впечатляющей, научная составляющая - спорной.

Противниками классификации Алибера, как ни странно, стали его же ученики, а не иностранные конкуренты. «Несмотря на глубокие корни, дерево дерматозов было потрясено до основания, однако, без полного его падения» его учеником Лоран-Теодором Биеттом. Следует отметить, что это знаменитое «дерево дерматозов» не добавило славы Алиберу, но прибавило ему насмешек не только со стороны студентов-медиков, но и последователей Биетта – Лорана Казенаве,

Камиль-Мельхиора Жибера, Альфонса Девержи, Анри Бенье и других. Будучи сторонниками классификации англичанина Роберта Уиллана, они в своей работе использовали его классификацию и первичные элементы, и таким образом ввели их в практику среди своих учеников и последователей.

Эрнест Гоше, признавая, что идея с классификацией в виде дерева была не очень удачной, говорил, что представленная классификация – великий прогресс в дерматологии - была первым движением научного и методического изучения кожи. Впоследствии Алибер представил ещё одну классификацию, которая по оценке Казенаве значительно уступала первому варианту, и, к большому огорчению Алибера, модификация классификации Уиллана, выполненная Биеттом была признана более полезной для профессии. 

Тем не менее спор между «Уилланистами» и «Алиберистами» растянулся на несколько десятилетий. Последние прения относятся ко второй половине XIX века. Так, Эрнест Базен противостоял т.н. «морфологам», так как одна лишь классификация кожной сыпи уводила врачей от понимания этиопатогенеза кожных болезней. В то же время Альфред Арди продолжал свергать концепции своего учителя, Алибера, и показывал, что морфологический подход не мешает выявлению связей между дерматологией и внутренними болезнями.

1870-1890 отметились появлением в больнице св.Людовика поколения врачей, которые стали известны благодаря своей новаторской и организаторской деятельности. Шарль Лайе основал школу для детей, страдающих стригущем лишаем при больнице, Альфред Фурнье пропагандировал борьбу с сифилисом среди широких масс, Эмиль Видаль утверждал важность кожной гистопатологии, Бенье был последователем учения Пастера в области дерматологии. 

Девержи согласно многочисленным источникам был инициатором создания и развития музея больницы св.Людовика. В начале 1866 Девержи, уходя в отставку решил оставить коллекцию акварели кожной сыпи. Он хотел, чтобы коллекция где-то была выставлена и студенты могли её изучать. Наиболее подходящим местом был большой больничный амфитеатр. И до Девержи врачи оставляли картины кожных болезней, но они не носили системного характера и не имели описания, и поэтому их образовательная ценность была довольно мала. Например, Казенаве и Базен вместе создали коллекцию акварели, которая выставлялась в гипсовом музее. Но идея создания бесплатной, постоянной экспозиции, похоже, являлась инициативой именно Девержи. 

Администратор больницы Арман Юссон заявил, что инициатива Девержи целиком им поддерживается и что ограничений в материале не будет. Он стал попечителем музея и дал инструкции о создании первого музея в больнице: «Интерес в собрании муляжей и рисунков заставил меня искать достаточно пространства для растущей коллекции. У меня есть идея создания патологического музея и расположении его в галереи, которая ведёт из палат св. Марты и св. Жана в капеллу. В галерее необходима некоторая подготовительная работа: стены будут окрашены, при необходимости будут установлены стеклянные шкафы». Юссон хотел, чтобы в дальнейшем музей стал центральным музеем патологической анатомии, который можно дополнить фотографиями наиболее интересных случаев.

Первый музей больницы св. Людовика был открыт 25 апреля 1867, кроме акварелей Девержи, они содержали 26 муляжей Лайе и 12 муляжей Базена. Однако эти муляжи в скором времени пришли в негодность. В тоже время Лайе познакомился с работами из картона и папье-маше художника Жюля Баретты и предложил ему сделать муляжи кожных болезней для больницы. Коллекция постоянно пополнялась и к 1876 музей насчитывал 147 рисунков, 413 муляжей, 46 фотографий. Вскоре стало ясно, что для музея нужно новое помещение. В 1881 было решено создать отдельный музей, строительные работы закончились уже в 1884. Но торжественное открытие решили приурочить  к началу 1-ого международного дерматологического конгресса в 1889. 

В тот же период была заложена медицинская библиотека больницы св. Людовика. Создание медицинской библиотеки в больнице было частью проекта организации медицинских библиотек в Париже. Первые библиотеки создавались по инициативе ординаторов парижских больниц. Изначально библиотека в больнице ютилась за комнатой с муляжами и конференц-залом. В 1886 главы отделений больницы встретились в офисе директора с целью обсудить создание новой медицинской библиотеки. Во встрече участвовали Лайе, Видаль, Бенье, Фурнье, Аллопо, хирурги, акушер, глава аптеки, которые подписали положение о создании библиотеки и сделали индивидуальные вклады по 100 франков.

Организатором библиотеки назначили Анри Фёлара, который после открытия в 1890 стал её администратором. Через год после открытия он сообщил, что библиотеку, открытую для врачей и студентов больницы, посещают студенты, ординаторы и врачи и других больниц. Он считал, что библиотека должна выполнять 2 функции: участие в институционализации дерматологии и централизация плохо организованных и малообеспеченных библиотек. Фёлар предполагал, что библиотека св. Людовика станет центральной дерматовенерологической библиотекой, а библиотека Отеля-Дьё станет центральной медицинской библиотекой. Большой вклад в увеличения фондов библиотеки сыграли врачи больницы: Бассеро – 300 книг, Лайе – 1300, Видаль - 120 книг, Арди – 620 книг, редакторы «Анналов дерматологии» Аллопо и Фурнье регулярно посылали экземпляры журнала в библиотеку. После трагической смерти Фёлара в пожаре на благотворительном базаре в 1897 библиотеку назвали его именем.