Экстерн больницы св.Людовика де ла Сибути писал в 1811: «Эта больница построенная Анри IV, прекрасно расположена, она хорошо вентилируется, окружена дворами и обширными ухоженными садами, которые служат местом прогулок для пациентов. Она предназначена для кожных заболеваний и скрофулёзных заболеваний, она также принимает всех публичных женщин правого берега Сены». Но всё ли было так чинно и благородно, как это описал парижский врач.

Специализация и совершенствование материальной базы больницы св. Людовика неразрывно связана с бароном Жан-Луи Алибером. Он начал свою работу в 1801 и видел в больнице нечто больше, чем просто место изоляции больных. Больница, по его представлению, должна была совмещать деятельность по лечению пациентов и по образованию врачей. Он видел перспективы в слиянии научной и клинической работы и посвятил себя кожным болезням, преподавание которых ещё не велось на медицинском факультете.

Для того, чтобы больница стала известным дерматологическим местом, Алибер прилагал всё своё стремление познать кожные болезни и всё своё обаяние. Трижды в неделю Алибер давал уроки в больничном амфитеатре. Однако стесненные условия побуждали его проводить занятия на открытом воздухе под липами, что спустя некоторое время стало его визитной карточкой. Это было даже запечатлено художником Рене Бертоном «Урок Алиберта в больнице Св.Людовика перед входом в павильон Габриель» (1811). 

На ветвях лип развешивали разноцветные доски с изображением кожных заболеваний. Уже упомянутый де ла Сибути вспоминал: «Алибер проводил уроки в прекрасное время года под большими деревьями. Он привлекал всех учёных, которые приезжали в Париж... Его речь была приятной, лёгкой и совершенно элегантной. Он с любовью и фанатизмом говорил исключительно о тех вещах, которые изучал… После лекции проходила консультация: от сорока до пятидесяти человек обоего пола приходили показать свои высыпания. Однажды я видел, как он восхищался красотой кожных болезней. На консультацию пришёл бедняк со слоновой болезнью:

- Это великолепно! - воскликнул Алибер.

- Доктор, это можно вылечить?

- Я прикажу тебя нарисовать.

- Но, месье, я могу надеяться, что вылечусь?

- Конечно, конечно, но я прикажу тебя нарисовать.

Каждое воскресное утро он давал открытые лекции, на которых мы видели писателей, выдающихся деятелей искусства, нескольких женщин, известных своим умом и добротой. Он касался и вопросов искусства и литературы, которые стояли на повестке дня».

Над входом в больницу появилась надпись «Граду и миру». Сложно сказать, хотел ли этим Алибер, несостоявшийся священник, показать, что больница - дерматологический Ватикан или это была тонкая ирония. Согласно официальной версии она означала, что пациентам, студентами и врачам всех национальностей будет уделено должное внимание. И нельзя не согласится с утверждением, что Алибер прославил больницу св. Людовика, как первую международную дерматовенерологическую больницу, удерживавшую это звание около 40 лет.

Ухудшающееся состояние зданий и плохие условия также занимали внимание Алибера, совершенствование лечебных подходов сочеталось с улучшением комфорта пациентов. Так, в 1801 строения находились в очень плачевном состоянии, в крыше в некоторых местах были дыры, вода часто капала с потолка. Некоторые окна были разбиты или их нельзя было открыть.

При Алибере были инициированы и частично закончены работы по улучшению условий для пациентов: ремонт водоснабжения, замена и увеличение количества окон для улучшения вентиляции палат, создание ванных комнат в конце палат и посадка новых деревьев в больничном саду, скрашивающих прогулки пациентов.

Трудности с водоснабжением заключались в малом количестве родниковой воды, которая к тому же плохо растворяла мыло, а также в сложностях в сборе и очистке сточных вод. Немного исправляли эту ситуацию акведуки и ввод в эксплуатацию очистных сооружений. 

Длительное время в больнице св. Людовика было лишь две ванные комнаты, в которые в первую очередь направлялись поступающие пациенты. В 2 ванных комнатах принимали ванну около 200 человек в день, что было недостаточно для больницы, где бальнеология была одним из основных способов лечения. В 1816 при больнице было построено отдельное ванное отделение, переданное в ведение Лорана-Теодора Биетта. 

В больнице изначально было лишь несколько печей, расположенных в угловых павильонах. Грелки и занавески в конечном счете не спасали от холода и поэтому были установлены дополнительные печи и камины. Те, кто лежал рядом с ними взамен тепла получали сомнительные запахи сжигаемого топлива.

Освещение длительное время осуществлялось масляными лампами со всеми их минусами в виде чада и запаха. Ситуация поменялась, когда Филипп Лебон, несмотря на все трудности, в т.ч. из-за лобби торговцев свечами, добился признания своего «светильного газа» и газовое освещение появилось на европейских улицах. Завод по производству газа был построен в 1818 и одним из первых объектов с газовым освещением стала больница св.Людовика, оборудованная 300 осветительными форсунками. Позднее этот газ начали применять и для отопления помещений. 

Но несмотря на эти улучшения, пребывание пациентов в палатах было окружено валом критики даже спустя 80 лет.