Исследования показали, что для идентификации возбудителей онихомикозов метод ПЦР оказался в 2 раза эффективнее культурального. 

Диагностика грибковых инфекций ногтей с помощью полимеразной цепной реакции свидетельствует о том, что частота смешанных инфекций, в т.ч. сочетание дерматофитов и недерматофитов, существенно выше, чем это имеет место при культуральном методе. Этим можно объяснить, почему некоторые инфекции сохраняются, несмотря на терапию. Это повышает популярность ПЦР в качестве диагностического инструмента.

В отличие от культурального метода, ПЦР может обнаружить присутствие нескольких грибов в одной и той же пробе. На основе исследований ПЦР выяснилось, что 2 или более патогенов встречаются при онихомикозах чаще, чем предполагалось ранее, и это важно в плане назначения адекватного препарата. Много неудач ученые объясняют с неучтенным сочетанием дерматофитов с невыявленной плесенью. При исследовании 155 пациентов  положительный результат ПЦР на дерматофиты был у 44% пациентов, а при культуральном  методе – только у 20%. Положительные результаты для недерматофитов были в 14% при ПЦР и 7% при культуральном методе.

В итоге ПЦР позволяет чаще выявлять онихомикозы с микст-инфекцией и имеет чувствительность в 2 раза превосходящую таковую при культуральном методе. Однако распространению метода может препятствовать более высокая, чем культуральная диагностика,  стоимость ПЦР.