Использование перорального флуконазола во время беременности значительно повышает риск самопроизвольного аборта (относительный риск 1,62) и в меньшей степени – мертворождения (относительный риск 1,32) по сравнению с частотой этих осложнений у беременных, не принимавших данный препарат в период беременности. Это результаты общенационального датского исследования с участием 1405663 беременных, проводившегося в 1997-2013 годах. Другие исследования подтверждают, что долгосрочные, высокие дозы перорального флуконазола вызывают различные врожденные дефекты скелета, в том числе черепа, у плода.