Использование орального флуконазола в первом триместре беременности связанно с повышенным риском развития у потомства пороков развития опорно-двигательного аппарата. В популяционном когортном исследовании изучались данные о 1,97 млн беременностей, в т.ч. о 37 650 беременностей (1,9%) с использованием орального флуконазола, и о 82 090 беременностей (4,2%) с использованием топических азолов в течение первого триместра. Дозы перорального флуконазола выше 450 мг были связаны с примерно двукратным риском аномалий опорно-двигательного аппарата у потомства (скорректированный относительный риск 1,98), в то время как риск этих пороков развития был менее выражен при дозах от 150 мг до 450 мг (относительный риск 1.24 - 1,29). Риск костно-мышечных аномалий у потомства, связанных с пероральным флуконазолом, был 52,1 случаев на 10000 беременностей, по сравнению с 37,3 на 10000 беременностей при применении топических азолов. Для оральных расщелин риск составлял 9,3 против 10,6 на 10000 беременностей для орального флуконазола и топических азолов, соответственно. Одно из ограничений заключается в том, что в исследование включались случаи беременностей, завершенные живорождением, и вполне возможно, что в некоторых случаях серьезные врожденные дефекты приводили к выкидышу или мертворождению. В настоящее время беременным женщинам рекомендуется использовать в качестве первой линии лечения вагинальных дрожжевых инфекций вместо орального флуконазола более безопасные топические азолы.