Американский педиатр Марк А. Андервуд считает, что дисбактериоз кишечника, растущий во всем мире, особенно в развитых странах, имеет выраженную ассоциацию с кишечными и системными заболеваниями, включая атопический дерматит. Изменение состава кишечной микробиоты, вызванное антибиотиками, сопровождается диареей и колонизацией кишечника клостридиями (Clostridium diffic). Основными причинами роста дисбактериоза являются антибиотики, кесарево сечение, искусственное вскармливание, нарушения гигиены, диета с высоким содержанием жиров, углеводов и наследственная предрасположенность. Наблюдая за 1200 младенцев до 5 летнего возраста, японские ученые обнаружили, что применение у них антибиотиков в течение первых 2 лет жизни повышало риск астмы в 1,72, аллергического ринита в 1,65 и атопического дерматита в 1,4 раза. В голландском исследовании применение антибиотиков у детей в течение первой недели жизни повышало риск аллергической сенсибилизации в 3.26 и кишечной колики в 1.66 раза. У 44-х новорожденных с отягощенным аллергологическим семейным анамнезом возникновению аллергических симптомов предшествовали изменения фекальной микробиоты, особенно с колонизацией бактериями Ruminococcus gnavus. В развитии системного заболевания при дисбактериозе играют роль стимуляция рецепторов TLR4 на слизистой оболочке, повышенная кишечная проницаемость, увеличение рН кишечника, уменьшение количества жирных кислот с короткой цепью и уменьшение гипоксии в просвете кишечника, затрудняющее развитие анаэробов, преобладающих в нормальной прямой кишке. Для профилактики или лечения заболеваний, связанных с дисбиозом, используют пробиотики и трансплантацию фекалий. Недавний Кокрановский обзор 8 672 пациентов обнаружил «умеренные доказательства достоверности» эффективности пробиотиков для предотвращения диареи, вызванной C. difficile. При этом относительный риск составлял 0,4, что представляло собой значительную защиту. А фекальная микробная трансплантация превосходила по эффективности ванкомицин у взрослых с рецидивирующим колитом, вызванным клостридиями (относительный риск 0,23). Использование пробиотиков у беременных с отягощенным аллергологическим семейным анамнезом понижало относительный риск до 0,74. Наиболее эффективными при лечении беременных, а также детей в течение первых нескольких месяцев жизни были препараты и смеси, включающие один или несколько видов Lactobacillus, L. Rhamnosus, Bifidobacterium или только B. lactis. Было обнаружено, что пробиотики предотвращают некротизирующий энтероколит, сепсис и смерть у недоношенных детей.